В далеком 9784 году по летоисчислению Содружества началась эпоха катаклизмов, когда ницшеанцы восстали против власти Содружества Систем. Их стремление избавиться от гнёта и создать собственный порядок привело к масштабной войне, которая обещала коренным образом изменить судьбы всех обитателей галактики. На передовые позиции был отправлен крейсер «Созвездие Андромеды», который на тот момент был самым мощным боевым судном, когда-либо созданным человечеством. Под командованием капитана Дилана Ханта это величественное судно столкнулось с ницшеанским флотом и, оказавшись в безвыходной ситуации, капитан принял трудное решение эвакуировать экипаж. Тем временем сам корабль, находясь на границе чёрной дыры в системе Гефеста, стал жертвой временной аномалии, и судьба Ханта и «Андромеды» оказалась в руках неумолимого времени.
С течением веков Содружество Систем не выдержало натиска врага и пал. Однако новая Ницшеанская Империя так и не была основана, и вселенная погрузилась в мрак «Долгой Ночи». Спустя 303 года, когда мир забыл о былой мощи Содружества, крейсер «Эврика Мару» под командованием Беки Валентайн смог освободить заточенное судно с орбиты чёрной дыры. В эти краткие мгновения, пережитые капитаном Хантом, вся его жизнь изменилась. Встретившись с членами экипажа «Эврики Мару», Дилан начинает сложный и долгий путь восстановления Содружества. Перед ним стоят новые вызовы и преграды, но капитан движется вперёд, полон решимости вернуть порядок в хаос вселенной и восстановить утраченные идеалы, которые однажды сделали Содружество оплотом надежды для многих.