В непростые времена XIX века, в отдалённых уголках Индии, жила девочка по имени Мэри Леннокс. В её жизни произошла быстрая и трагичная перемена: после того как её родители succumbed к ужасной болезни, девочка остается совершенно одна, забытая в мире, который когда-то казался ей домом. Однако судьба подбрасывает ей новый шанс, когда её забирает к себе дядя Арчибальд, живущий в мрачном и загадочном особняке в Великобритании. Этот дом полон теней и шепотов, а рядом с ним находится заброшенный сад, окружённый тайной и мрак, где по ночам раздаются странные крики, вызывающие у Мэри страх и любопытство одновременно.
Тем не менее, жизнь в новом доме оказывается не такой простой. Дядя Арчибальд, хоть и проявляет доброту к племяннице, скрывает свои собственные демоны, оставаясь окутанным печалью. Чтобы справиться с одиночеством и тёмными мыслями, Мэри находит друга в лице Дикона, сына садовника. Вместе они решают разгадать загадку таинственного сада, который, как кажется, хранит в себе не только боль, но и возможность исцеления. Их дружба, полная открытий и приключений, становится путём к пониманию и любви, позволяя им не только лучше узнать друг друга, но и помочь дяде Арчибальду справиться с его горечью. В этом процессе они начинают осознавать, что даже в самых мрачных местах могут скрываться свет и надежда.