На должность нового руководителя исправительного учреждения назначают Генри Брубейкера, который решает внедриться в свои собственные стены под прикрытием заключенного. Его замысел прост: оценить реальную ситуацию в тюрьме и выявить проблемы, с которыми сталкиваются осужденные, пробыв среди них. Однако то, что он обнаруживает, становится для него настоящим шоком — систематическая коррупция, эксплуатация труда заключенных и задействование в нелегальных схемах. Вместо исправления преступников, тюремная система оказывается местом, где царит произвол и безнаказанность. Каждое новое открытие лишь подчеркивает степень безнадежности и подавленности заключенных, а Брубейкер понимает, что на его плечи легла ответственность не только за себя, но и за судьбы людей, оказавшихся в ловушке этой системы.
Столкнувшись с темными сторонами своего учреждения, Генри решает действовать, чтобы исправить ситуацию и вернуть тюрьму к изначальным целям реформирования и реабилитации. Однако, его попытки внедрить изменения натыкаются на резкое сопротивление со стороны тех, кто зарабатывает на существующих беспорядках. Не желая терять свою власть, они идут на все, чтобы не дать ему осуществить задуманное. Внутренние конфликты и борьба за справедливость становятся главными преградами на пути Брубейкера. Его испытания становятся не только борьбой за изменение системы, но и за собственную выживаемость, что заставляет его постоянно находиться на грани между надеждой и отчаянием.