В центре событий оказывается 15-летний Цукунэ Аоно, который, несмотря на свою беззаботную натуру, сталкивается с серьезными жизненными трудностями. Парень не смог пройти вступительные экзамены в старшую школу, и его друзья, с которыми он всегда мечтал учиться вместе, были принятой на обучение. Казалось бы, его жизнь могла бы обернуться настоящей катастрофой, если бы не случайный поворот судьбы — его отцу попалась на глаза необычная записка, приглашавшая его в Призрачную Академию, учебное заведение, которое принимает студентов без особых требований к оценкам. Вопреки здравому смыслу, родители тут же решили отправить Цукунэ на учебу, не подозревая, какое приключение их ждет. По прибытию в академию, мальчик неожиданно оказывается в мире, который поразительно напоминает произведения Лавкрафта, где красное небо и странные существа — не редкость, а повседневная реальность.
Однако, его страхи быстро улетучиваются, когда на него вдруг падает загадочная красавица по имени Мока. Она не только завлекает его в мир дружбы, но и открывает двери в удивительное пространство, где обитают существа, о которых он ранее мог только мечтать. Цукунэ оказывается среди йокаев: огров, ведьм, оборотней и суккубов, которые, несмотря на свои странные образы, стремятся к нормальной жизни среди людей. Сложности и курьезы, которые возникают в этой необычной школе, становятся для него привычным делом. Даже удивительные превращения Моки из обыкновенной девушки в вампиршу не пугают его, поскольку герой понимает, что важно не то, кем ты являешься на первый взгляд, а каков ты на самом деле. Но у Цукунэ остается главный вопрос: как ему удалось попасть в эту волшебную академию, если защитный барьер способен уничтожить любого смертного? Ответ на этот вопрос может изменить все, ведь с его приходом в мир нечисти начинаются настоящие приключения.
