В один момент человечество оказалось на краю своей собственной гибели из-за коварных замыслов Доктора Хелла, злого гения, который мечтал о мировом господстве. Его подпольная империя, построенная на страхе и разрушении, угрожала всему живому. Однако в этот мрак и хаос пришли герои: Кодзи Кабуто и его неразлучный суперробот Мадзингер Зэд, вместе с верными товарищами из лаборатории фотонной энергии. Благодаря их мужеству и находчивости, зловещие планы Доктора были сорваны, и мир, казалось, вновь обрел спокойствие и надежду на будущее.
Спустя десять лет после тех масштабных событий Кодзи решает следовать по стопам своих предков и становится ученым. В рамках своей исследовательской деятельности он обнаруживает нечто необычное, скрытое под мощности горы Фудзи – невероятную форму жизни, о которой человечество до сих пор не имело ни малейшего представления. Это открытие открывает перед ним новые горизонты, но одновременно приносит новые угрозы. Судьба земли вновь оказывается в руках Мадзингера Зэд, и Кодзи, уже ставший ученым, должен вновь встать на защиту человечества, сталкиваясь с неизвестными вызовами и непредсказуемыми последствиями своего открытия.