В течение многих лет после знаменитой битвы между Годзиллой и Кинг Конгом, эти два могучих существа обрели уголки мира на Земле, где они могли сосуществовать без конфликтов. Кинг Конг обосновался в неизведанных глубинах планеты, в то время как Годзилла предпочёл бездны океана. Изоляция и время позволили им не только адаптироваться к своим новым домам, но и развить уникальные новые способности, которые делают их ещё более могущественными. Однако, мирная жизнь гигантов оказывается под угрозой, когда на горизонте появляется новый враг.
Шрам, пробудившийся из древней спячки, представляет собой угрозу, подобной которой человечество ещё не видело. Этот злодей из вида приматов обладает ошеломляющей силой и способностями, способными уничтожить всё живое. С целью восстановления своего доминирования над Землёй, он собирает армию чудовищ, каждое из которых подчиняется его воле. Начав войну против человечества, Шрам ставит мир на грань выживания. В этот критический момент Годзилла и Кинг Конг осознают, что только объединив свои силы, они смогут противостоять глобальной угрозе, защитить Землю и её обитателей от полного уничтожения.