После глобальной войны человечество разделилось на два лагеря — Верхний и Нижний миры. В Верхнем живет вся элита — знатные, успешные люди, стремящиеся к благополучию. А остальные вынуждены существовать на нижних ярусах, лишенные всех благ. Среди них — доктор Идо, немолодой ученый, который только и занимается тем, что пытается помочь каждому, кто попал в тяжелое положение. Собирая старые запчасти на гигантской свалке, Идо создает новые, уникальные вещи, без которых было бы сложнее выжить в невыносимых условиях.
Однажды, отправившись в очередной раз на свалку, Идо находит поврежденного киборга. Он приносит робота в лабораторию, где успешно восстанавливает его. Позже он дает своему творению имя Алита и вскоре сильно привязывается к ней. Алита оказалась существо непростым, со своими убеждениями и взглядами на действующий порядок в мире. Девушка-андроид решает попасть в Верхний мир, увлеченная любопытством. Но попав на враждебную территорию, Алита сталкивается с жестокостью и несправедливостью. Возмущенная, она принимается наводить порядок, наказывая зазнавшуюся элиту.