В XXVI веке человечество столкнулось с катастрофическим вирусом, который погубил 99% населения Земли. В результате этого глобального бедствия на планете остались лишь два государства, находящихся в постоянном противостоянии: анархистская Моника и тоталитарная Бренна. Власть в Бренне сосредоточена в руках ученого-диктатора Тревора Гудчайлда, который использует свои знания и технологии для поддержания жесткого контроля над оставшимися жителями. Анархия и угнетение стали основными аспектами существования двух обществ, что привело к конфликтам и бесконечным интригам в борьбе за выживание.
В этом хаосе выделяется сильная и решительная женщина по имени Эон Флакс, являющаяся суперагентом из Моники. Она берет на себя миссию устранить Гудчайлда, зная, что именно он является главной преградой на пути к свободе. В ходе своего опасного задания Эон сталкивается не только с охраной противника, но и с собственными моральными терзаниями, задаваясь вопросами о смысле власти и справедливости. Ее решимость и навыки делают ее ключевой фигурой в этом противостоянии, открывая новые горизонты для возможной надежды в мрачном будущем человечества.