В 1999 году на Землю обрушивается колоссальный метеорит, который вскоре оказывается не просто космическим объектом, а величественным инопланетным кораблем, известным как «Макросс». Событие вызывает беспокойство и интерес среди человечества, которое начинает активно изучать данные о корабле и его системах, готовясь к возможному столкновению с его владельцами. Однако, когда пришельцы все же появляются на сцене, оказывается, что они вовсе не создатели «Макросса», а его злейшие противники — гигантские инопланетяне Зентреди. Наступает эпоха хаоса и войны, когда с неба начинают сыпаться бомбы, а мирное существование людей под угрозой из-за непредсказуемых действий врагов.
Тем не менее, несмотря на их колоссальный размер и военное превосходство, Зентреди оказываются уязвимыми в плане человеческих эмоций. Их полное незнание культуры и понятия о любви делает их уязвимыми перед силой искусства. Песня, исполненная простой земной девушкой, оказывается более разрушительной, чем все высокотехнологичные оружия, которые есть на борту «Макросса». В то же время на фоне разворачивающихся событий вспыхивает сложный любовный треугольник между пилотом Ичидзё Хикару, энергичной капитаншей Хаясэ Мисой и юной поп-исполнительницей Линн Минмэй. Этот конфликт между сердечными чувствами и военной необходимостью придает всему происходящему глубокий эмоциональный оттенок, подчеркивая, что истинная сила может заключаться не только в физической мощи, но и в гармонии и любви.