В эпоху, наступившую после масштабной мировой войны, наука совершила прорывные шаги в области кибернетики, кардинально изменив представления о жизни и смерти. Теперь люди имеют возможность не только продлевать свою жизнь, но и улучшать свои физические возможности с помощью высокотехнологичных кибернетических имплантов. Эти изменения стали неотъемлемой частью повседневной жизни, и жители планеты стремятся интегрироваться в общую глобальную сеть, известную как Призраки, которая соединяет их в единое целое. Однако с развитием технологий возникли и новые угрозы: кибератаки, нацеленные на уязвимые участки человеческой природы, стали повседневностью. Преступники, используя сети, способны похищать не только физические ресурсы, но и воспоминания, что ставит под сомнение саму суть человеческой идентичности.
На фоне этих технологий и угроз разворачиваются события, которые приводят к трагическим последствиям. Убийство премьер-министра Японии становится катализатором для действий следственного подразделения, возглавляемого майором Мотоко Кусанаги. Она и ее команда из Девятого отдела берутся за расследование этой запутанной истории, преследуя киберпреступников, которые стоят за этим злодеянием. Во время своего расследования Кусанаги сталкивается с множеством сложных ситуаций, в которых технологии и человеческие эмоции переплетаются, поднимая вопросы о том, что означает быть человеком в мире, где границы между реальным и виртуальным становятся все более размытыми. Каждый шаг расследования приближает её к раскрытию мрачных тайн, которые могут навсегда изменить не только её жизнь, но и судьбу всего общества.