После того как Мотоко Кусанаги осознала необходимость оставить позади свои прежние обязанности в подразделении 501, ее жизнь обретает новые горизонты, наполненные вызовами и сложностями. Принимая на себя новую роль, она должна освоить искусство следовать указаниям Арамаки, своего нового руководителя. Однако ситуация усложняется, когда выясняется, что системы защиты национальной безопасности подверглись хакерским атакам. В этой стремительно меняющейся обстановке Бато принимает решение обратиться за поддержкой к своим старым товарищам: бывшему офицеру военной разведки Исикаве и эксперту по воздушной артиллерии Борме. Кусанаги, стремясь создать прочную команду для 9-го отдела госбезопасности, также ищет содействия со стороны снайпера Сайто и тайного агента полиции по имени Паз.
В этом новом, более напряженном и конкурентном мире, возникает противостояние между двумя группами, каждая из которых стремится достичь своих целей. Соперничество становится непредсказуемым фактором, заставляющим их перегруппироваться и адаптироваться к новым вызовам. Мотоко Кусанаги, имея за плечами богатый опыт и навыки, сталкивается с необходимостью не только противостоять новым угрозам, но и находить общий язык с бывшими союзниками, которые теперь могут стать как друзьями, так и соперниками. Этот сюжет раскрывает множество нюансов взаимодействия в команде, подчеркивая важность доверия и взаимопонимания в условиях кризиса и неопределенности.