Оказавшись в Токио-3 в 2015 году, мальчик по имени Синдзи Икари сталкивается с последствиями катастрофы, произошедшей 15 лет назад. Второй удар поставил человечество на грань выживания: Антарктида исчезла, глобальные изменения климата привели к массовым жертвам, а Земля стала полем битвы с невероятными существами, известными как Ангелы. Эти загадочные создания угрожают остаткам человечества, и единственным средством их противостояния являются гигантские биотехнологические роботы, разработанные для защиты людей. Судьба мира висит на волоске, и в этом хаосе 14-летний Синдзи не сразу осознаёт, насколько критическими становятся его действия.
На фоне надвигающейся угрозы он отправляется на встречу к своему отцу, главе организации NERV, которая отвечает за борьбу с Ангелами. В этот момент Токио-3 подвергается атаке, и юноша оказывается вовлечённым в драку, которую никто не может избежать. Синдзи, полный противоречивых чувств и ненависти к родителю, находит себя в ситуации, когда ему необходимо не просто поговорить с отцом, а взять на себя ответственность и сразиться с врагом внутри огромного робота. Внутренние терзания, страхи и необходимость действовать в столь критический момент создают сложный внутренний мир героя, который бросает его на грань между человечностью и механической бездушностью.