В центре сюжета оказывается 14-летний молодой человек по имени Синдзи Икари, который становится бойцом уникального механического устройства под названием "Еванглион". Его жизнь усложняется непростыми отношениями с отцом, Гэндом Икари, руководителем влиятельной организации под названием NERV. Синдзи, будучи замкнутым и неразговорчивым подростком, глубоко переживает разрыв с родительской фигурой, что делает его уязвимым не только как пилота, но и как личность. Эти затяжные внутренние конфликты отражаются на других юных пилотах и представителях NERV, все они сталкиваются с обременительными эмоциональными грузами и тайнами, окружающими проект, в который они вовлечены. Каждому из них предстоит разобраться в своих чувствах и обрести свою собственную идентичность в мире, полном неожиданных испытаний.
На фоне глобальной угрозы, с которой сталкиваются персонажи, их личные драмы только усугубляют ситуацию. Неопределенность в отношениях с родными и близкими, страх перед будущим и необходимость справляться с чрезвычайными обстоятельствами становятся основными мотивами их существования. Откровенные переживания юных пилотов перекликаются с внутренними кризисами взрослых сотрудников, которые, несмотря на свой статус, также оказываются вовлеченными в паутину лжи и недопонимания. Сложные эмоциональные связи, скрытые мотивы и глубокие личные травмы приводят к тому, что каждый из них вынужден пересмотреть свои цели и желания, чтобы найти свое место в этом бескрайнем и суровом мире, который они должны защищать.
