Синдзи оказывается в мире, полном неожиданных встреч и эмоциональных потрясений. В то время как он пытается смириться с неизбежной ответственностью, связанной с управлением боевым роботом «Ева-01», его жизнь принимает новый оборот с приходом новых пилотов. Среди них — загадочная британка Мари, обладающая уверенной харизмой и страстью к своему делу, а также бойкая немка Аска, которая быстро становится его соседкой по квартире, деля пространство с Мисато. Вскоре их жизнь наполняется вызовами, связанными как с внутренними борьбами, так и с внешними угрозами, так как мир продолжает сталкиваться с мощными Ангелами, угрожающими существованию человечества.
Параллельно с этими событиями в NERV появляется Рёдзи Кадзи, старый знакомый Мисато, что вызывает в её душе смешанные чувства. Каждый из персонажей сталкивается с собственными переживаниями и сложностями в отношениях. Синдзи, Аска и Рэй начинают учёбу в одном классе, и часто их дружба становится полем для эмоциональных конфликтов и взаимопонимания. В то время как они сражаются с террористами, объединяясь в борьбе за спасение, их личные драмы и взаимодействия становятся неотъемлемой частью их пути, раскрывая глубину их характеров и формируя новые связи в условиях возрастающего напряжения и неопределенности.