После долгого и мучительного периода комы, Синдзи, главный герой, наконец, приходит в сознание, погружаясь в мир, где все изменилось. Его жертва ради спасения Рэй обернулась неожиданными последствиями. На его шее теперь висит сдерживающий ошейник, который символизирует не только физические ограничения, но и внутреннюю борьбу. Вокруг него происходят события, которые ставят под сомнение мир, в котором он привык жить. Его друзья и союзники, включая Мисато и Аску, теперь сражаются на стороне новой организации WILLE, которая противостоит некогда знакомой структуре NERV. Синдзи вскоре осознает, что прошло 14 лет с момента Третьего удара, и мир, который он знал, изменился до неузнаваемости. Однако несмотря на долгие годы, пилоты «Евангелионов» остались вечно юными, как будто проклятие, связанное с их судьбой, заморозило их время.
Тем не менее, несмотря на утверждения Мисато о том, что Рэй больше не существует, она вновь появляется, прорываясь на новом боевом роботе серии «Марк». Это удивительное воскрешение не только шокирует Синдзи, но и ставит под сомнение его надежды на восстановление старых отношений. Ситуация накаляется, когда Рэй освобождает Синдзи из воздушного линкора WILLE, что становиться поворотным моментом в сюжете. В этой новой реальности, наполненной предательством, надеждой и загадками, Синдзи сталкивается с необходимостью вновь найти свое место и смысл жизни среди хаоса, в который он попал. Вопросы о том, как жить и чему доверять, становятся центральными, когда старые дружбы и любовные связи проверяются на прочность.
