В 2015 году, на фоне разрушенного мира и ранений, оставленных глобальной катастрофой, Токио-3 стал последним оплотом человечества. Пятнадцать лет назад, в результате Второго удара, ландшафт Земли навсегда изменился, и огромные территории, включая Антарктиду, были поглощены водой. Большинство людей погибло, и выживание стало борьбой с таинственными противниками — Ангелами, свирепыми существами, угрожающими остаткам цивилизации. Лишь технологические чудеса, созданные с использованием передовых биотехнологий — гигантские роботы серии «Евангелион», могли противостоять этим монстрам и дать шанс на выживание.
Главный герой, четырнадцатилетний Синдзи Икари, оказывается в водовороте судьбы, когда его путь приводит к линии фронта. На мгновение он надеется увидеть своего отца, директора NERV, который, как ему кажется, был равнодушен к его чувствам, и он жаждет выразить всю глубину своей ненависти. Но столкнувшись с жестокостью реальности и внезапной атакой Ангела, Синдзи вынужден сделать выбор: уйти или принять непростую судьбу. Под руководством капитана Мисато Кацураги ему предстоит стать частью эпической борьбы за выживание, взобравшись в огромного робота, чтобы сразиться с противником, угрожающим не только его жизни, но и самой сущности человечества.